一、 要把台湾史放在什么位置上来考察？
台湾史是历史学学科体系中的一个分支学科——中国史之下的分支，其学术体系应当与中国史基本相同，但作为一个分支又有其特殊性。如何把它放在适当的位置需要讨论。
在台湾有人提出“台湾史的研究不能只局限于中国史的范畴之观点立论，只有站在世界史的观点才能看到台湾在历史与未来所扮演的角色”。这就是所谓“世界史视野”。还有人提出所谓“同心圆史观”，说是要“从台湾史出发，扩及中国史、亚洲史以至世界史”，其目的是“不再把目光集中在中国”，要摆脱台湾史与中国史的关系，有意“切断与中国的关系”。这正是“台独”分子所鼓吹的。
在大陆有人认为台湾史与中国史完全一致，“台湾史是中国历史的一部分”，不讲或少讲台湾历史与中国大陆历史的差异。实际上，从1895年日本殖民统治时期开始，台湾的历史与全中国的历史就有很大差异。这个时期的中国史经历过中华民国的建立、军阀混战、北伐战争、土地革命、抗日战争、解放战争、社会主义革命和建设等等，而台湾走的是另一条道路。忽视台湾史的特殊性也是片面的看法。
既要重视台湾与大陆的共性和密切关系，关注历史性、长时段的研究，又要重视台湾地区的特性，台湾与大陆的差异性。
总之，要把台湾史放在与它有密切关系的中国史的框架里，并联系到当时的世界历史考察，这是完全必要的。不是孤立地研究台湾史，而是把台湾史放在与它密切相关的大背景下来考察，这样才能得到全面的认识。正如研究中国历史要有“世界中的中国”的观念那样，研究台湾史也要有“中国中的台湾”与“世界中的台湾”的观念。这样才能摆正台湾史的位置。
二、 构建台湾史学术体系，谁是参与者？
台湾史学术体系是否只由大陆史学界来构建，这个问题需要讨论。
研究和书写台湾历史之成果的主要受众，不但有大陆人民而且还有台湾同胞。为此，必须了解在多年来台湾当局灌输“台独”史观下台湾同胞对台湾历史的认知、情感、态度和由此形成的历史记忆。身居台湾的台湾史学界人士，特别是研究台湾史的专业学者，对此有深刻的了解。他们研究台湾史经历了相当长的过程，有自己的经验和体会，也形成了一些理论和方法。台湾学者在搜集地方史料方面有优势，在搜集整理口述历史和台湾史料数据化方面已经做出很大的成绩，这对于构建台湾史学术体系有重要价值。所以，台湾史研究的主要力量来自大陆和台湾的史学界。构建台湾史学术体系，两岸史学界特别是两岸研究台湾史的专业学者，都应当是参与者。
两岸都受到中国传统文化的熏陶，各自也接受了外来文化的影响，从某种意义上说，台湾文化也丰富了中华文化的内涵。由于社会制度不同，在史学观点上必然存在差异。在台湾研究台湾史的专业学者中史观也不尽相同，其中有些是持“独派”的观点。在构建台湾史学术体系中如何处理彼此的关系是一个难题。
两岸学界有必要建立台湾史研究的交流平台，先进行广泛的交流，畅所欲言，提出各种各样的问题，然后加以整理，有步骤地开展平等的对话和交流，只有互相协作才能建立互相认同的学术体系。
三、 两岸学界对台湾史学术体系怎样才能获得共识？
两岸学者在台湾史研究方面存在不同的史观，对台湾具体历史也有不同看法，要形成共识需要一个相当长的过程，从差异、冲突到交流、融合，才能走向互信认同。
在这个方面，学术界在合作编写有关历史的过程中已经有了一些经验。
第一是“论从史出”。例如，参与中日韩三国共同编写《东亚三国的近现代史》的中方学者步平指出：“（三国）学者们非常注意吸纳各方面的史实，尽量做到全面、均衡，既讲日军在侵略战争中的种种暴行，也讲原子弹爆炸、东京空袭、冲绳作战等日本人民所遭受的伤害。”“历史观的基础是历史认识，历史认识的基础是历史事实，只有向年轻人介绍全面的历史事实，才有助于共同历史观的建立。”参与编写《中华民国专题史》的台湾方面的学者张玉法指出：“在民国史的研究上，这套书基本上是保持中立的，不去论断是非，而仅仅是把历史的真相写出来。”“这些年来对国共关系以外的题目，基本上都是凭史料说话，大多没有什么分歧。”在存在分歧的情况下，拿出可靠的历史事实，辩明历史真相，才是最有说服力的。
第二是尊重包容、求同存异。互相尊重才能互相理解，尊重首先表现在倾听对方的意见，特别是与我方不同的意见。尊重差异是要发现分歧的所在，或是否存在误解，思考是否可能达成某些共识，而不是要求对方放弃自己的观点。步平主持中日共同历史研究的体会是：“在学术研究领域，即使是对于与自己意见不同的认识，也应当倾听和尊重。”“通过共同研究达到学者间的相互理解,进而促进民间的相互理解；通过历史研究促使（中日）两国人民适当调整自己的心理状态和相互评判的价值标准，对消除隔阂会产生积极的作用，这就是共同研究的主要目的。”尊重还表现在开诚布公的态度上，把不同的观点摆出来，把历史事实摆出来，才能取得共识。
建构共同史观并不是要建构一种完整的史观来取代现有的各种史观，而是要吸取各种史观中若干双方可以接受的基本要素，形成具有两岸特色的共同史观。这种史观需要一个形成过程，它不是一步到位建立起来的，而是逐渐积累，随着两岸共识的增长不断地添加双方可以接受的要素，不断地充实其内涵，逐步形成共有观念，增进互相认同。
